Truyền thuyết kể rằng: trước đây ở xã Song Phượng, huyện Đan Phượng có một khu đất giống hình con chim nhạn, người dân nơi đây đã xây dựng đền chùa trên thế đất ấy. Từ đó làng có tên là làng Tháp Thượng, đền có tên là đền Tháp Thượng, chùa có tên là Nhạn Tháp (tên gọi chung là đền chùa Nhạn Tháp). Hiện nay, phía trước cụm di tích này còn giữ được hai cái giếng mà cổ xưa lưu truyền là mắt của con chim nhạn. 
Cụm di tích đền Tháp Thượng và chùa Nhạn Tháp thuộc xã Song Phượng, vốn là nơi đất cổ. Qua nghiên cứu các thư tịch, tư liệu sử học thì dọc bờ sông Đáy huyện Đan Phượng có thể là một trong những phòng tuyến của cuộc khởi nghĩa Hai Bà Trưng. 
Để ngàn đời sau còn ghi lại những trang lịch sử vẻ vang của dân tộc, và để tưởng nhớ những anh hùng hào kiệt đã đóng góp nhiều chiến công cho đất nước, dân làng đã cùng nhau góp công, góp của xây dựng lên khu di tích đền – chùa Tháp Thượng để thờ tướng quân Lôi Chấn, người đã sinh ra ở đây và đã cùng với nghĩa quân Hai Bà Trưng đánh giặc Đông Hán. Đồng thời, đây cũng là nơi nhân dân địa phương thực hiện mọi nghi lễ của làng xã.
Theo nguồn tư liệu trong dân gian thì đền chùa Nhạn Tháp được xây dựng từ khá sớm, thời nào không rõ. Trải qua nhiều biến cố của lịch sử, cũng như mưa nắng của thời gian mà đền chùa đã bị hư hại nhiều, các cấu trúc cổ xưa không còn nguyên vẹn. Để gìn giữ và lưu truyền lại di sản quý báu của người xưa để lại, dân làng thôn Tháp Thượng, Song Phượng đã góp công góp của xây dựng lại ngôi đền như ngày nay.
Hiện nay đền còn lưu giữ được nhiều di vật quý như 20 đạo sắc phong, trong đó sắc sớm nhất là sắc thời Lê (1787). Hệ thống bia đá trong đó bia sớm nhất là tấm bia bầu hậu thần được làm vào ngày lành tháng 3 năm Giáp Ngọ, niên hiệu Cảnh Hưng nhà Lê thứ 35 (1774) đã khơi gợi việc xác định niên đại của di tích đền chùa Nhạn Tháp có thể được xây dựng từ trước đó.
Chùa Nhạn Tháp và đền Tháp Thượng cùng quay theo hướng Tây hơi chếch Nam, nhìn ra sông Đáy (còn gọi là sông Hát và theo thư tịch Trung Quốc là sông Chu Diên). 
Cụm di tích Đền Tháp Thượng và Chùa Nhạn Tháp được Bộ văn hóa xếp hạng là di tích lịch sử- văn hoá cấp Quốc gia tại Quyết định số 2003/QĐ-BVH ngày 15/11/1991. Theo thời gian, di tích bị xuống cấp nghiêm trọng mái ngói xô vỡ, dột nát, cột và kết cấu kiện gỗ mối mọt, không đảm bảo chịu lực nên cần được triển khai tu bổ, tôn tạo lại để bảo tồn di tích.